Управление МБУ ДО ДШИ г. Багратионовска осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. В школе сформированы коллегиальные органы управления, к которым относятся педагогический совет и общее собрание работников учреждения.

Единоличным исполнительным органом учреждения является директор МБУ ДО ДШИ г.Багратионовска.